＜日本基督教団函館教会の沿革＞

日本基督教団函館教会は、1874年（明治7年）1月26日、アメリカメソジスト監督教会のM・C・ハリス宣教師の伝道に始まります。 これが、「函館美以教会」の起源となりました。当時、キリシタン禁令の高札が撤去されて日も浅く、函館は外国人殺害事件が起きるなど、不穏な世情でした。同年8月には、ハリス宣教師から2名の日本人が洗礼を受け、北海道初プロテスタントの受洗者となりました。
1877年（明治10年）には菊池卓平が初代牧師に就任しました。
1907年（明治40年）には、日本メソジスト教会結成に伴い、日本メソジスト函館教会と改称し、さらに、1941年（昭和16年）には現在の日本基督教団（日本キリスト教団）の所属となりました。

＜日本基督教団函館教会の建物＞

日本基督教団函館教会の建物は、1877年（明治

10年）に現在地に最初の会堂を落成しました。
その2年後の函館大火で会堂は類焼してしまいます。函館は昔から火災が多い町で、1886年（明治19年）、1909年（明治42年）に再建した会堂も焼失しました。
現在の会堂は、1921年（大正10年）の函館の火災による会堂類焼に伴い、1931年（昭和6年）に建築されたものです。 北海道帝国大学（現北海道大学）農学部本館や理学部本館を設計した萩原惇正による鉄筋コンクリート造２階建てのもので、現在に至っています（施工者は伊藤 組）。

＜日本基督教団函館教会の付記＞

1882年（明治15年）2月にハリス宣教師夫人による働きかけで開設された女学校が、現在の遺愛女子中学・高等学校です。

1954年（昭和29年）9月には、青函連絡船の洞爺丸海難事故が起こりました。遭難者の一人A・R・ストーン宣教師（救命具を人に譲って亡くなったとされる）が、洞爺丸に乗船した日に最後の説教をした教会でもあります。